Η εκκλησία της Παναγιάς υψώνεται βορειοανατολικά της Χώρας, σε απόσταση περίπου 15΄ από το λιθόστρωτο δρομάκι που ξεκινάει από την πλατεία της Πούντας. Είναι η σπουδαιότερη εκκλησία της Φολεγάνδρου, αφιερωμένη στην Κοίμηση της Θεοτόκου. Βρίσκεται σκαρφαλωμένη σε βράχο και είναι χτισμένη κατά πάσα πιθανότητα στη θέση αρχαίου ιερού, οικοδομικό υλικό του οποίου χρησιμοποιήθηκε για την ανέγερσή της.Στον αυλόγυρο και στο εσωτερικό του ναού θα δείτε εντοιχισμένες αρχαίες επιγραφές και βάσεις αγαλμάτων. Ο ναός υπήρξε καθολικό γυναικείας μονής. Πρόκειται για μονόκλιτη πολύτρουλη βασιλική με ψηλό καμπαναριό. Υπάρχει μαρμάρινη επιγραφή του 1687 που αναφέρεται στην ανακαίνιση του ναού, ενώ η Παναγία πήρε τη σημερινή μορφή της με κατασκευή που ξεκίνησε το 1816 και τελείωσε το 1821. Το μαρμάρινο τέμπλο, ο αρχιεπισκοπικός θρόνος και ο άμβωνας είναι έργα του Τηνιακού μαρμαρογλύπτη Καπαριά. Η κατά την παράδοση θαυματουργή, ασημοστόλιστη βυζαντινή εικόνα της Παναγίας που φυλάσσεται στην εκκλησία συνδέεται με πειρατικές ιστορίες και θρύλους της Φολεγάνδρου, γι' αυτό και σύμφωνα με το παλιό φολεγανδρίτικο έθιμο, το Πάσχα γίνεται περιφορά της σε όλα τα σπίτια του νησιου